Le Conseil de la concurrence recommande au gouvernement de réunir les conditions permettant de bâtir un réel écosystème national du médicament, porté par une industrie pharmaceutique solide, un système national d’innovation et de formation approprié dans ce domaine, le tout construit à partir d’un nouveau modèle économique qui favorise la création de champions nationaux du médicament.

Le Conseil de la concurrence recommande également la création d’un cadre institutionnel permettant de mobiliser et fédérer les synergies entre tous les intervenants du marché : les Autorités publiques compétentes, les régulateurs, des organismes gestionnaires, les industriels, les laboratoires, des médecins, les pharmaciens, les distributeurs de gros et de détail, les associations de consommateurs et les chercheurs…

Le rapport adopté préconise également la mise en place de l’Agence nationale du médicament. Les membres du Conseil de la concurrence s'accordent sur la nécessité de repenser son pilotage institutionnel, ses missions et son cadre juridique, à la lumière des nouvelles données que connaît la problématique du médicament aujourd’hui. Cette Agence doit être dotée d’un Observatoire national des médicaments capable de générer des informations sur toutes les dimensions stratégiques de l’ensemble du secteur. Le Conseil de la concurrence estime qu’il est aussi important de reconsidérer le statut actuel de l’Agence nationale de l’assurance maladie (ANAM) pour lui conférer une réelle autonomie de gestion et une indépendance effective vis-à-vis de la tutelle.

Le Conseil de la concurrence insiste sur la nécessité de mener des réformes de structures portant sur la redéfinition des modalités d’organisation du marché du médicament, la refonte en profondeur du cadre juridique organisant ce marché et le développement de nouveaux leviers pour en améliorer la situation de la concurrence notamment en mettant en place les mécanismes garantissant la transparence du système de gestion et de régulation du secteur, notamment au niveau de l'attribution des AMM, la gestion transparente des marchés publics, les modalités de fixation des prix, le contrôle de la qualité, la protection des brevets, et le contrôle maîtrisé des importations.