Une étude canadienne financée par le ministère de la Santé et les instituts de recherche médicale canadiens a démontré que les jeunes filles vaccinées contre le papillomavirus ne courent pas de risque supplémentaire de développer une maladie auto-immune (MAI).  Cette études publiée dans le « Canadian Medical Association Journal » a fait appel à une cohorte rétrospective populationnelle. Mais au lieu de comparer les filles vaccinées et les filles non vaccinées comme ça a été le cas dans d’autres études, les auteurs ont préféré comparer les jeunes filles vaccinées pendant ou hors de leur période dite « d’exposition » au Gardasil®. Les auteurs de cette étude estiment que les autres travaux qui ont comparé des filles vaccinées versus des filles non vaccinées, comportent des biais quand les facteurs de risque sont largement inconnus ou difficiles à quantifier (comme la susceptibilité génétique), comme c’est le cas pour les MAI. En pratique, les auteurs ont exploité la base de données de l’Ontario, base constituée à la faveur d'une opération de santé publique proposant gratuitement le vaccin aux filles scolarisées en Grade 8 (âgées d’environ 13-14 ans). Parmi ces filles, 180.819 jeunes filles de 13,2 ans d’âge moyen (entre 12 et 17 ans) avaient reçu au moins une dose de Gardasil® (81,8 % d’entre elles ayant reçu les trois doses). 681 cas de MAI ont été diagnostiqués chez le groupe de jeunes filles vaccinées, dont 11,3 % (77 cas) sont survenus entre 7 et 60 jours après l’injection d’une dose de vaccin (c’est-à-dire pendant la fenêtre d’exposition), ce qui ne correspondait pas à un surrisque de MAI dans la période d’exposition post-vaccination.   Les auteurs de cette étude ont pris en considération 12 maladies auto-immunes : la polyarthrite rhumatoïde juvénile, le purpura thrombopénique immunologique, la paralysie de Bell, les MAI systémiques (lupus érythémateux, sclérose systémique, syndrome de Sjögren, dermatomyosite, polymyosite), la sclérose en plaques, la névrite optique, le syndrome de Guillain-Barré. Les chercheurs Canadiens estiment que leur méthodologie est plus fiable que celle utilisée dans les autres études et vient , de ce fait, confirmer la sécurité du vaccin HPV4.